[lammps后处理]温度云图的绘制
好看的云图对我们论文的质量有着至关重要的影响，lammps中如下图lammps仿真过程通过输出温度数据、用origin绘制的的温度分布云图：
在分子动力学仿真过程中，云图的应用较多，如做力学性质的常常需要绘制应力应变云图，做热力学性质的常常需要绘制温度云图，但大致绘制思路基本一致，均是根据有限元的思想，将整个系统划分为若干个块，每个块中包含有若干个原子，计算每个原子温度（应力、应变、速度等）的平均值。本文将介绍如何利用利用lammps命令输出温度数据以绘制温度云图。
用到的命令有(详细介绍参加lammmps官网)
compute chunk/atomfix ave/chunk
本文添加的命令为
compute T1 all chunk/atom bin/2d x lower 2 y lower 2 units boxfix saveT2 all ave/chunk 1 1000 1000 T1 temp file Tyuntu.data
1.完整代码及结果
1. 具体in文件
#Cu melt
#模型基本参数
units metal #单位：时间为ps,real时间为fs
boundary p p p #边界条件
newton on
atom_style atomic #原子类型 聚合物用full
timestep 0.001 # 1fs 时间步长：一般为原子振荡周期的十分之一
neighbor 0.6 bin #近邻列表
neigh_modify every 5 delay 0 check yes
建模
lattice fcc 3.61 #晶格常数
region box block 0 20 0 20 0 20 #区域
create_box 1 box #生成盒子，1代表包含一种原子
region Cu block 0 20 0 20 0 20 #区域
create_atoms 1 region Cu #在盒子里填充一种原子
mass 1 69
#热力学信息输出
thermo 100 #100步输出一次
thermo_style custom temp vol pe #输出类型
#设置势函数
pair_style meam #势类型
pair_coeff * * library.meam Cu Cu.meam Cu #选择用该势函数
#pair_style lj/cut 2.5 #势类型
#pair_coeff * * 1.0 1.0 2.5
#温度初始化
velocity all create 300 89895 dist gaussian #原子速度调控温度
#融化
dump 1 all atom 1000 melt.xyz #1000步输出一次，输出文件名melt.xyz
fix 1 all npt temp 300 2000 0.1 iso 0.0 0.0 1 #对所有原子施加nvt控温,起始温度200K，终止温度2000K（系综设置）
compute T1 all chunk/atom bin/2d x lower 2 y lower 2 units box
fix saveT2 all ave/chunk 1 1000 1000 T1 temp file Tyuntu.data
run 10000 #10ps 升温速率1700K/10ps=170K/ps 2. 结果
导出的数据在Tyuntu.data文件中，其中第一例为块序号，第二列为x坐标，第三列为y坐标，第四列为该块中的原子数，第五列为该块的温度。利用第二、三、五列数据自origin中绘制等高线图，如下：
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上图为cu熔化过程不同时刻的温度分布云图。
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