如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标
原文链接：http://tecdat.cn/?p=6095
读取样本数据
D=D\[!is.na(apply(D,1,mean)),\] ; dim(D)## \[1\] 416 7查询部分数据（结果和预测因子）
head(D)## time status age albumin edema protime bili
## 1 400 1 58.76523 2.60 1.0 12.2 14.5
## 2 4500 0 56.44627 4.14 0.0 10.6 1.1
## 3 1012 1 70.07255 3.48 0.5 12.0 1.4
## 4 1925 1 54.74059 2.54 0.5 10.3 1.8
## 5 1504 0 38.10541 3.53 0.0 10.9 3.4
## 6 2503 1 66.25873 3.98 0.0 11.0 0.8模型0和模型1的结果数据和预测变量集
outcome=D\[,c(1,2)\]
covs1<-as.matrix(D\[,c(-1,-2)\])
covs0<-as.matrix(D\[,c(-1,-2, -7)\])head(outcome)## time status
## 1 400 1
## 2 4500 0
## 3 1012 1
## 4 1925 1
## 5 1504 0
## 6 2503 1
``````
head(covs0)## age albumin edema protime
## 1 58.76523 2.60 1.0 12.2
## 2 56.44627 4.14 0.0 10.6
## 3 70.07255 3.48 0.5 12.0
## 4 54.74059 2.54 0.5 10.3
## 5 38.10541 3.53 0.0 10.9
## 6 66.25873 3.98 0.0 11.0
``````
head(covs1)## age albumin edema protime bili
## 1 58.76523 2.60 1.0 12.2 14.5
## 2 56.44627 4.14 0.0 10.6 1.1
## 3 70.07255 3.48 0.5 12.0 1.4
## 4 54.74059 2.54 0.5 10.3 1.8
## 5 38.10541 3.53 0.0 10.9 3.4
## 6 66.25873 3.98 0.0 11.0 0.8点击标题查阅往期内容
R语言生存分析数据分析可视化案例
左右滑动查看更多
01
02
03
04
推理
t0=365*5
x<-IDI (outcome, covs0, covs1, t0, npert=200) ; 输出
## Est. Lower Upper p-value
## M1 0.090 0.052 0.119 0
## M2 0.457 0.340 0.566 0
## M3 0.041 0.025 0.062 0M1表示IDI
M2表示NRI
M3表示中位数差异
图形演示
本文摘选《R语言如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标》，点击“阅读原文”获取全文完整资料。
点击标题查阅往期内容
R语言中的生存分析Survival analysis晚期肺癌患者4例
R语言使用限制平均生存时间RMST比较两条生存曲线分析肝硬化患者
R语言生存分析: 时变竞争风险模型分析淋巴瘤患者
R语言生存分析可视化分析
R语言中生存分析模型的时间依赖性ROC曲线可视化
R语言生存分析数据分析可视化案例
R语言ggsurvplot绘制生存曲线报错 : object of type ‘symbol‘ is not subsettab
R语言如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标
R语言绘制生存曲线估计|生存分析|如何R作生存曲线图
R语言解释生存分析中危险率和风险率的变化
R语言中的生存分析Survival analysis晚期肺癌患者4例
本文来自互联网用户投稿，文章观点仅代表作者本人，不代表本站立场，不承担相关法律责任。如若转载，请注明出处。 如若内容造成侵权/违法违规/事实不符，请点击【内容举报】进行投诉反馈！